Kaip ir visų agronomijos mokslų, sodininkystės ir daržininkystės ištakos yra Dotnuvoje. 1924 m. pradėtos selekcionuoti daržovės. 1938 m. įsteigta Sodininkystės ir daržininkystės bandymų stotis, kuri 1940 m. perkelta į Vytėnus prie Kauno. 1956 m. čia iš Dotnuvos perkelti ir selekciniai bandymai.
1968 m. Vytėnų bandymų stotis įkurta naujojoje bazėje – Babtuose. 1987 m. reorganizuota į Lietuvos sodininkystės ir daržininkystės institutą, kuriam 1992 m. suteiktas valstybinio mokslo instituto statusas. 2010 m. reorganizuotas į Lietuvos agrarinių ir miškų mokslų centro filialą Sodininkystės ir daržininkystės institutą.
